Բաուզերին հաղթելուց և Բրուքլինը փրկելուց հետո, Մարիոն բախվում է Վարիոյի և Բաուզեր կրտսերի չար դաշինքին։ Այժմ իր ընկերների և Յոշիի հետ միասին, նա պետք է խափանի նրանց՝ աշխարհը գերիշխելու ծրագրերը։

После победы над Боузером и спасения Бруклина Марио сталкивается со злобным альянсом Варио и Боузера-младшего. Теперь вместе со своими друзьями и Йоши он должен помешать их планам по завоеванию мирового господства.